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黄胜友提出蛋白质与核酸相互作用结构预测新方法

来源:物理学院 点击次数:2952次 发布时间:2017-06-06 11:43:43 编辑:张雯怡

  新闻网讯(通讯员 刘欢)5月17日,核酸领域国际权威期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线刊发了物理学院生物物理研究所黄胜友教授团队论文。该论文题为《HDOCK:一个基于复合策略的蛋白质-蛋白质和蛋白质-核酸分子对接在线平台》(HDOCK: a web server for protein-protein and protein-DNA/RNA docking based on a hybrid strategy),报道了一种整合自由分子对接和基于模板建模的蛋白质与蛋白质、蛋白质与核酸相互作用结构预测方法,并以在线平台的方式提供给用户。物理学院2016级博士生严雨蒙为论文第一作者,2015级本科生仉迪为论文第二作者,黄胜友为论文通讯作者。



  蛋白质和核酸是生命体中重要的两种物质,很多生命过程都是通过其相互之间的作用来完成。因此,确定其相互作用的复合体结构对于揭示生命过程的物理机制及进行相关疾病的药物设计有着重要的科学意义。多年来,蛋白质与蛋白质、蛋白质与核酸相互作用结构预测一直是国际上的研究热点之一。


  由于蛋白质和核酸在相互作用过程中的构象变化,传统的自由分子对接方法往往很难准确预测高柔性分子的复合体三维结构。近年来,越来越多的蛋白质与蛋白质、蛋白质与核酸结构通过实验解析出来,其包含了大量的相互作用模板数据。但如何有效地挖掘和利用这些模板数据是学界的一个研究难题。黄胜友教授一直致力于蛋白质与蛋白质、蛋白质与核酸相互作用自由能计算及结构预测方面的研究,多次在国际蛋白质相互作用竞赛中排名第一。该研究发展了一种自由分子对接和基于模板建模的复合对接策略,有效地整合了两种方法的优点,极大的提高了预测的成功率。


  黄胜友是物理学院2015年8月引进的青年教师,入选中组部第十一批“青年千人”计划,为全国百篇优秀博士论文奖获得者,此前在美国密苏里大学从事生物物理与计算机药物设计方面的研究。黄教授进校以来,在物理学院的大力支持下迅速搭建研究平台,很快适应了环境,组建了团队并在Nucleic Acids Research、Brief Bioinform、Proteins等国际著名期刊发表多篇论文。


  该工作得到了学校人才引进基金、国家自然科学基金面上项目和科技部国家重点研发计划项目的资助。